お殿様とお姫様の位置はどちらが正しいんですか？

結論から申し上げるとどちらが正解・不正解はありません。ご自身が不自然を感じない、より慣れ親しんだ位置で構いません。

なお、一般的にはお雛様といえば男雛が向かって左側ですが、左京では男雛を向かって右側に並べています。実はどちらに並べても間違いではありませんが、左京では日本古来の伝統的な並べ方を守っています。

下記、歴史的背景からの詳細です。

日本では、太陽が東から昇ることから、東側は神の場所とされ、尊ばれてきました。京都御所の紫宸殿は南向きに建てられています。したがって、左（向かって右）側が東となり、これが「左（向かって右）上位の文化」として定まりました。

今でも日本古来の伝統を守る芸能・作法等には、この「左上位の文化」が残っています。 能・歌舞伎・茶道・華道、すべて左（向かって右）側が上座です。
現代では、結婚式でも、「右上位の文化」を採り、向かって左側に男性が並ぶようになりました。それは、明治時代以降、日本が西洋化を急速に推し進めるあまり、古来の日本文化を捨ててしまったからです。昭和天皇のご即位の礼から、並び方まで西洋式に変わりました。その代わりに天皇陛下が中央に、一歩前に出て並ばれる事となりました。

以上のような歴史から、明治時代以降、天皇皇后両陛下の並び方に倣い、一般的に、お雛様も西洋式に並べるようになったのです。

しかし、七段飾りの男雛・女雛より下の段では、左（向かって右）側に上位の人・物が置かれます。三人官女の長柄を持っている人・五人囃子の唄い・左大臣・桜・お茶道具・牛車などです。男雛・女雛だけは「右上位」に変わりましたが、それ以下は「左上位」の名残を留めているのです。

一生懸命、西洋に追いつこうとした、当時の日本人の涙ぐましい歴史が垣間見えるのです。